Dong et al. đã đặt tên Yangchuanosaurus shangyouensis năm 1978 trên cơ sở của mẫu hóa thạch CV 00215 gồm một hộp sọ và bộ xương hoàn chỉnh được thu thập từ hệ tầng Shangshaximiao, gần quận Vĩnh Xuyên thuộc thành phố Trùng Khánh. Nó được phát hiện vào tháng 6 năm 1977 bởi một công nhân xây dựng trong quá trình xây dựng đập Shangyou Reservoir. Một loài thứ hai từ cùng một địa điểm trên, Y. magnus, được đặt tên bởi Dong et al. năm 1983 trên cơ sở mẫu hóa thạch CV 00216 với một hộp sọ và bộ xương hoàn chỉnh khác. Dong et al. đã phân biệt các loài này chủ yếu dựa trên kích thước cùng một vài sự khác biệt. Tuy nhiên, sự khác biệt trong hình thái xương sống cổ tử cung có thể được giải thích bằng cách so sánh các vị trí khác nhau trong cột sống, cũng như những sự khác biệt còn lại có thể là do biến thể. Do đó, các mẫu vật của hai loài Yangchuanosaurus trên là giống hệt nhau, và mã của chúng giống hệt nhau ở trong bản phân tích của Carrano et al. năm 2012.[2] Vào năm 1988, Gregory S. Paul coi loài này giống như Metriacanthosaurus nhưng điều này không được công nhận.

Một mẫu vật thứ ba của Y. shangyouensis với tên mã CV 00214 được biểu diễn bởi một bộ xương sau một phần và thiếu hộp sọ. Nó được thu thập tại mỏ đá Wujiaba, gần thành phố Tự Cống thuộc tỉnh Tứ Xuyên, từ phần dưới của hệ tầng Shangshaximiao. CV 00214 ban đầu được liệt kê bởi Dong et al. như một loài mới của Szechuanosaurus với tên loài là Szechuanosaurus "yandonensis". Sau đó vào năm 1983, Dong et al. mô tả nó thuộc về loài Szechuanosaurus campi, một loài đáng ngờ chỉ được biết đến từ bốn cái răng. Carrano et al. sau đó cho rằng không thể gán CV 00214 cho S. campi vì các vật liệu nguyên mẫu của S. campi (IVPP V.235, V.236, V.238, V.239) không được chẩn đoán và không có răng nên khó xác định. Một sự phân biệt gần đây về CV 00214 của Daniel Chure năm 2001 đã kết luận rằng nó đại diện cho một nhóm mới, có tên là "Szechuanoraptor dongi", mà Szechuanosaurus zigongensis cũng nên được gộp lại. Tuy nhiên, bản sửa đổi mới nhất của Carrano và cộng sự năm 2012 cho rằng CV 00214 và S. zigongensis không thể phân bố cùng được vì không có sự phân bố tự nhiên giữa chúng, và mẫu thứ hai xuất phát từ hệ tầng Xiashaximiao cơ bản. Một bản phân tích phát sinh loài đã cho thấy CV 00214 có liên quan chặt chẽ nhất với Y. shangyouensis, và do đó theo nguyên tắc có thể gán cho nó. Hơn nữa, Szechuanosaurus zigongensis được tìm thấy có liên quan chặt chẽ với Y. shangyouensis và do đó được chỉ định là một danh pháp đồng nghĩa của loài Y. zigongensis, loài thứ hai của Yangchuanosaurus.

Yangchuanosaurus zigongensis được biết đến từ bốn mẫu hóa thạch bao gồm ZDM 9011 (nguyên mẫu) với một bộ xương sau; ZDM 9012 với một hàm trên bên trái; ZDM 9013 với hai cái răng và ZDM 9014 với một cái chân sau bên phải. Nó được mô tả lần đầu tiên bởi Gao năm 1993 và tất cả các mẫu vật đều được thu thập từ hệ tầng Xiashaximiao của Trung Jura ở vùng Tự Cống, Tứ Xuyên. Một bản phân tích phát sinh loài của Carrano et al. năm 2012 cho thấy Yangchuanosaurus là metriacanthosaurid được biết đến nhiều nhất.